خواجه‌ در شرح‌ اشارات، نمط‌ هفتم، درباره‌ علم‌ خدا با شیخ‌ رئیس‌ مخالفت‌ کرده‌ و می‌گوید: «اگر جز این‌ بود که‌ در آغاز این‌ کتاب‌ با خویشتن‌ شرط‌ کردم‌ که‌ هر جا عقیده‌ خود را با نظر شیخ‌ مخالف‌ دیدم‌ آن‌ را ذکر نکنم‌ راه‌ گریز از این‌ مضایق‌ و تنگیها و غیر آن‌ را بیان‌ می‌کردم. ولیکن‌ باید به‌ شرط‌ وفا کرد. با وجود این‌ از دل‌ خویش‌ رخصت‌ نمی‌یابم‌ که‌ در این‌ باره‌ اصلاً‌ به‌ چیزی‌ اشاره‌ نکنم. از این‌ رو در اینجا اشارتی‌ کوتاه‌ می‌کنم، برای‌ کسی‌ که‌ طالب‌ آن‌ است. اینک‌ گوییم: اگر گفتار شیخ‌ را در این‌ باب‌ که‌ گوید: «علم‌ باری‌ تعالی‌ به‌ حصول‌ صور در ذات‌ او حاصل‌ می‌گردد»، پذیرفتن‌ اشکالات‌ زیر لازم‌ می‌آید:
نخست‌ اینکه: ذات‌ واحد بسیط، فاعلی‌ و قابل‌ آن‌ صورتها می‌شود، این‌ امر مستلزم‌ پدید آمدن‌ ترکیب‌ در ذات‌ خدا می‌گردد؛
دوم‌ اینکه: ذات‌ واجب‌ محل‌ به‌ صفات‌ زاید غیراضافی‌ و غیرسلبی‌ متصف‌ می‌گردد در حالی‌ که‌ بطلان‌ صفات‌ حقیقی‌ برای‌ ذات‌ واجب‌ ثابت‌ است.
سوم‌ اینکه: ذات‌ واجب‌ محل‌ معلومات‌ ممکن‌ و متکثر می‌شود.
و بالاتر از همه‌ در این‌ صورت، باید معلول‌ اول‌ ذات‌ باری، مباین‌ خود او نباشد، بلکه‌ قائم‌ به‌ ذات‌ او باشد و باری‌ تعالی‌ چیزی‌ مباین‌ ذات‌ خویش‌ نیافریده‌ باشد چه‌ بر این‌ تقدیر معلول‌ اول‌ تصورات‌ ذهنی‌ یا صور علمیه‌ خواهد بود نه‌ موجودات‌ و اعیان‌ خارجی، در حالی‌ که‌ عدم‌ تباین‌ معلول‌ نخستین‌ با ذات‌ باری‌ خلاف‌ آن‌ چیزی‌ است‌ که‌ حکیمان‌ و فیلسوفان‌ پیشین‌ بدان‌ رفته‌ و مقرر کرده‌اند. سپس‌ قول‌ افلاطون‌ را آورده‌ که‌ گوید: صور معقول‌ قائم‌ به‌ ذات‌ باری‌ هستند و گویی‌ در این‌ را عقیده‌ شیخ‌ اشراق‌ را که‌ «علم‌ خدا را حضوری‌ می‌داند.» پسندیده‌ است‌ ولیکن‌ از او در «شرح‌ اشارات» نامی‌ نمی‌برد.