َ‌
خواجه‌ نصیر در دژ اسماعیلیان‌ (زندانی‌ سیاسی)

چون‌ نیشابور مورد تاخت‌ و تاز و نهب‌ و غارت‌ قرار گرفت، هر کس‌ که‌ می‌توانست‌ به‌ فکر چاره‌ برآمد و از آنجا کوچ‌ کرد و خود و زن‌ و فرزند را از ورطه‌ بلا خلاص‌ کرد. خواجه‌ نیز در این‌ میان‌ حیرت‌زده‌ و سرگردان‌ و مبهوت‌ پی‌مأمنی‌ می‌گشت، قضا را محتشم‌ قهستان‌ ناصرالدین‌ عبدالرحیم‌ بن‌ ابی‌ منصور اسماعیلی‌ او را به‌ قهستان‌ دعوت‌ کرد و در اکرام‌ و احترام‌ او بسیار کوشید. به‌ دستور همین‌ ناصرالدین‌ محتشم‌ قهستان‌ بود که‌ خواجه‌ کتاب‌ الطهاره‌ ابن‌ مسکویه‌ رازی‌ (در گذشته‌ ۴۲۱ ه’ .ق) را از عربی‌ به‌ فارسی‌ ترجمه‌ کرد و به‌ نام‌ همو «اخلاق‌ ناصری» نامید.
‌خواجه‌ در اثنأ اقامت‌ خویش‌ در قهستان‌ قصیده‌ای‌ در مدح‌ مستعصم‌ خلیفه‌ عباسی‌ ساخت‌ و با نامه‌ای‌ به‌ بغداد فرستاد، ابن‌العلقمی‌ (وفات‌ ۶۵۶ ه’.ق) وزیر مستعصم‌ که‌ آوازه‌ فضل‌ و کمال‌ خواجه‌ را شنیده‌ بود و نزدیکی‌ او را به‌ خلیفه‌ به‌ صلاح‌ خود نمی‌دانست، صورت‌ این‌ حال‌ را به‌ ناصرالدین‌ محتشم‌ اطلاع‌ داد و او از این‌ معنی‌ بدگمان‌ شد و خواجه‌ را به‌ قلعه‌ الموت‌ قزوین‌ نزد خداوند علأالدین‌ محمدبن‌ حسن‌ (۶۵۳-۶۱۸) برد و به‌ حکم‌ همو خواجه‌ در آنجا ماند و پس‌ از آن‌ در قلعه‌ (میمون‌ دژ) از قلاع‌ رودبار الموت‌ می‌زیست‌ و پیش‌ رکن‌الدین‌ خورشاه‌ آخرین‌ پادشاه‌ اسماعیلی‌ اقامت‌ داشت‌ تا آنکه‌ هولاکو خان‌ مغول‌ در سال‌ ۶۵۴ قلاع‌ اسماعیلی‌ را فتح‌ کرد و خورشاه‌ تسلیم‌ او شد.
‌خواجه‌ در قلاع‌ اسماعیلیان‌ همچون‌ زندانی‌ سیاسی‌ نگاهداری‌ می‌شده‌ در این‌ مدت‌ ازجمله‌ کارها که‌ انجام‌ داد شرح‌ کتاب‌ «اشارات» ابن‌سینا است، در مقدمه‌ این‌ کتاب‌ می‌گوید:
«بیشتر این‌ کتاب‌ را در حال‌ سختی‌ نوشتم‌ که‌ سخت‌تر از آن‌ ممکن‌ نباشد و اغلب‌ آن‌ را در روزگاری‌ پریشانی‌ فکر نگاشتم‌ چنان‌ که‌ پریشان‌تر از آن‌ پیدا نشود، بلکه‌ در روزگاری‌ که‌ هر جزء آن‌ ظرفی‌ برای‌ غصه‌ و عذاب‌ دردناک‌ و ندامت‌ و حسرت‌ بود، زمانی‌ نگذشت‌ که‌ دیدگانم‌ اشک‌ نریزد و دلم‌ پریشان‌ نباشد و زمانی‌ برنیآمد که‌ دردهایم‌ افزون‌ نگردد و غمهایم‌ دو چندان‌ نشود و شاعر فارسی‌ چه‌ نیکو گفته‌ است:
‌بگردا گرد خود چندانکه‌ بینم‌ ‌بلا انگشتری‌ و من‌ نگینم!…»
‌برخی‌ از اصحاب‌ تاریخ‌ گفته‌اند: «فتح‌ قلاع‌ اسماعیلیه‌ به‌ دلالت‌ خواجه‌ نصیر بود که‌ وزیر مطلق‌ صاحب‌ دعوت‌ ملاحده‌ بود و مکانت‌ او پیش‌ ملاحده‌ به‌ مثابتی‌ بود که‌ اگر او را دستور کاینات‌ گفتندی، میسر گشتی.»