اخلاق ناصری وی رایج ترین کتاب اخلاقی بین مسلمانان هند و ایران بوده است. تجرید العقاید او در کلام مبنای الهیات اصولی شیعه دوازده امامی است. طوسی احتمالاً بیش از هر فرد دیگر مایه احیای علوم اسلامی بوده است. گروهی خواجه را برهم زننده وحدت دو ملت عربی و اسلامی می پندارند و می گویند به دست او وحدت عربی در آن زمان پاشیده شد. در حقیقت خواجه در این باب گناهی نداشت و اگر لیاقت خواجه پس از آن همه وقایع و خونریزی به داد مسلمانان نرسیده بود جهان اسلامی امروز چه وضعیتی داشت؟ در سال ۶۷۲ هجری قمری نصیر الدین طوسی با جمعی از شاگردان خود به بغداد رفت که بقایای کتابهای تاراج رفته را جمع آوری و به مراغه بازگرداند اما اجل مهلتش نداد و در تاریخ ۱۸ ذی الحجه سال ۶۷۲ هجری قمری در کاظمین نزدیک بغداد دار فانی را وداع گفت. نصیر الدین طوسی ستاره درخشانی بود که در افق تاریک مغول درخشید و در هر شهری که پاگذارد آنجا را به نور حکمت و دانش و اخلاق روشن ساخت و در آن دوره تاریک وجود چنین دانشمندی مایه اعجاب و اعجاز بود.