خـواجه نصیر حـدود ۲۶ سال در قلعه هاى اسماعیلیه به سر برد و در ایـن مـدت دست به تألیف و تحریر کتابهاى متعددى زد از جمله شرح اشارات ابـن سینا، اخلاق ناصرى، رساله معینیه، مطلوب المومنیـن، روضه القلوب، رساله تـولى و تبرى و … خـواجه در ایـن دوره از زندگانى پر ماجراى خویـش از کتابخانه هاى غنى اسماعیلیان بهره ها بـرد و به علت نبـوغ فکرى و دانـش و آلایـش معروف و سرشناس گشت. مغول بیشتـر ممالک اسلامـى را به اطاعت خـود در آورده بـود ولـى اسماعیلیه و بنـى عباس هنـوز در قـدرت بـودند در حالـى که سران مغول در فکر یـورش به بغداد، مقر بنـى عباس، بـودند اسماعیلیه ظلـم و ستـم را از حد گذرانده و فساد آنقدر شدت پیدا کرده بود که کسى طاقت نداشت تا جایى که قاضى شمس الدیـن قزوینى که عالـم و مورد اعتماد مردم قزویـن بود از ستم فزون از حد اسماعیلیه به (قا آن )نـوه چنگیز خان شکایت بـرده و طلب کمک نمـود تا اینکه (قا آن) برادر کوچک خـود هلاکو خان را مأمـور سر کـوبى قلعه هاى اسماعیلیه کرد. هلاکـو خان در سال ۶۵۱ هـ ق، بـا ۱۲۰۰۰ نفـر روانه قهستان شـد نماینده اى پیش (ناصر الدیـن) گسیل داشته و او را به قبول اطاعت از خود فرمان داد ناصر الدین که در ایـن زمان پیر و ناتوان شده بود به نزد هلاکو رفت و تسلیم گردید هلاکو هـم او را محترم شمرد و به حکومت شهر تـون (فردوس کنونى) فرستاد با تسلیـم شدن ناصر الـدیـن عملا شکستـى در جبهه اسماعلیه رخ داد و مغولان قلعه ها را یکى پس از دیگرى تسخیر کردند.
خواجه نصیر با اطلاع از ایـن جریان دانست که هلاکـو مرد خـونریزى نیست چـون که ناصـر الـدیـن را دولت دیگر بخشیـده سپـس هلاکـو دو نماینده نزد (خورشاه) فرستاد و او را به تسلیـم شـدن خـواند، خورشاه با مشـورت و صلاح دیـد خـواجه حاضـر به قبـول اطاعت شـد خـواجه مذاکراتـى با هلاکـو داشت و ضمـن آن گفت پادشاه نباید از قلعه ها نگران باشد چـونکه دلایل نجـومى چنان نشان مى دهد که دولت اسماعیلیه در حال سقوط است پیـش بینى خواجه درست بود روز شنبه اول ذیقعده سال ۶۵۴ هـ ق، با تسلیـم شـدن خـورشاه نقطه پایان بر حکـومت اسماعیلیان در ایران گذاشته شد و از آن پـس جز نامـى از اسماعیلیان در تاریخ باقـى نماند خان مغول خـواجه را که در جلـوگیرى از خونریزى و تسلیـم شدن خـورشاه نقـش بسزایى داشت با احتـرام پذیـرفت و از او تجلیل فـراوانـى نمـود