آثار فراوانی از خواجه به یادگار مانده که به برخی از آنها اشاره می‌گردد:
۱. تجریدالعقاید
۲. شرح اشارت بو علی سینا
۳. قواعد العقاید
۴. اخلاق ناصری یا اخلاق طوسی
۵. آغاز و انجام
۶. تحریر مجسطی
۷. تحریر اقلیدس
۸. تجریدالمنطق
۹. اساس الاقتباس
۱۰. ذیج ایلخانی
۱۱. آداب البحث
۱۲. آداب المتعلمین
۱۳. روضةالقلوب
۱۴. اثبات بقاء نفس
۱۵. تجرید الهندسه