آن‏حضرت وصیّت کرد که قبرش را به اندازه چهار انگشت بالاتر ازسطح زمین آورند و بر آن آب بپاشید و از اموالش به قدرى وقف کنند که‏زنان نوحه‏گر بیست سال در منى نوحه گرى کنند.
چون آن‏حضرت درگذشت، مدینه منوره یکپارچه غرق در شیون‏وماتم شد. از امام صادق‏علیه السلام روایت شده است که فرمود:
"مردى چندین مایل از مدینه دور بود. او در خواب دید که به او گفته‏مى‏شود. برو و بر ابو جعفر (امام باقر) نماز بگزار که فرشتگان غسلش‏داده‏اند. آن مرد به مدینه آمد و دید که ابو جعفر از دنیا رفته است".
پس از آنکه آن‏حضرت را شستشو دادند و کفن کردند، وى را به‏قبرستان بقیع آورده در کنار آرامگاه پدرش، امام زین العابدین‏علیه السلام، و نیزدر جوار قبر عموى پدرش، امام حسن مجتبى‏علیه السلام، به خاک سپردند. (۱)
درود خدا بر او باد روزى که به دنیا آمد و روزى که مسموم از دنیارفت و آن روز که زنده برانگیخته خواهد شد.
-------------------------------------------------------
۱-در باره وفات و سن آن‏حضرت اختلافاتى وجود دارد و آنچه در اینجا نقل شد بااستناد به برخى از روایاتى است که در بحار، ج‏۴۶، ص‏۱۲۰ - ۱۱۲ ذکر شده است