باری،اعتقاد به اینکه وجود آلام در عالم‏ خلاف عدل و در واقع ظلم قبیح است نزد مسلمانان‏ ناشی از عقاید ثنویه شمرده می‏شده است و حکمای‏ مسلمانان و متکلمان اسلام آن را مردود می- شناخته‏اند.محمد بن زکریا چنانکه از اعلام النبوهء ابی حاتم رازی،که در رد اقوال و مقالات اوست‏ برمی‏آید،منکر تمام انبیاء بوده است و سخنان‏ آنها را متناقض می‏شمرده و دعاوی همه را محال‏ و نامعقول می‏دانسته است،و حتی مانی را نیز-که‏ خود متهم به تمایل و علاقهء به وی بوده است-نقد و تحقیر کرده است و در«السیرة الفلسفیه»خویش، مانویه را به سبب آنکه بیجهت به آزار نفس و ریاضیتهای سخت و تحمل گرسنگی و تشنگی و اجتناب از استعمال آب و به کار بردن بول به جای‏ آن عادت دارند ملامت کرده است.
از کسانی که نزد مسلمانان به زندقه منسوب‏ بوده‏اند ابو عیسی وراق است که گویند با وجود اظهار اسلام در باطن مانوی بوده است‏25.بعضی‏ کتب وراق در تأیید و انتصار شیعه بوده است و شیخ مفید آنها را ستوده است،لیکن بعضی کتابها نیز مثل«کتاب الغریب المشرقی»و«النوح علی- البهائم»به او نسبت کرده‏اند،که در واقع معرف‏ چیزی از عقاید«ثنویه»به شمار می‏آمده است. چنانکه در تألیف کتاب«المقالات»نیز به سبب تفصیلی‏ که در تقریر مذاهب ثنویه کرده است بدان مذهب‏ منسوب شده است.
نیز از کسانی که در بین مسلمانان به زندقه‏ منسوب بوده‏اند ابن الراوندی است،ابو الحسن‏ احمد بن یحی از مرو الرود خراسان که گویند شاگرد ابو عیسی وراق بوده است و بعضی مورخان‏ او را یکی از زندیقان سه‏گانهء اسلام شمرده‏اند،دو زندیق دیگر عبارت بوده‏اند از ابو حیان توحیدی و ابو العلاء المعری‏26.در هر حال،ابن الراوندی در بغداد مزیسته است،و در حدود سال 245 یا 250 وفات یافته است.وی کتابهای متعدد مشتمل‏ بر زندقه داشته است که مسلمانان آنها را از بین برده‏اند.می‏گویند یکصد و چهارده ساله‏ تألیف کرده است که هر یکی ناقص دیگری بوده‏ است و احتمال می‏رود پاره‏ای کتابهای الحادآمیز دیگران هم به نام او منسوب شده باشد27.ابو الحسین