"اللهم هذه سکرات الموت قد حلّت فاقبل الیّ بوجهک الکریم، و اعنّی علی نفسی بما تعین به الصالحین علی انفسهم ... "؛ «خداوندا! این سكرات مرگ است كه به سویم می‌آید. پس به سوی من نظری كن و مرا با آن چه صالحان را كمك می‌كنی، كمك نما.» (23)
پس از ختم این دعا، ندای خداوند را لبیک می‌گوید و روح شریفش به سوی خداوند عروج می‌نماید.
بامداد روز شنبه 13 تیر ماه، پیكر علامه از خیابان شاهپور تا سه راه بوذر جمهری و از آن جا تا مسجد ارك تشییع شد. مردم همانند كسی كه عزیزترین كس خود را از دست داده باشند، در تشییع پیكر امین خود شركت كردند به گونه‌ای كه: «میدان‌ها و خیابان‌ها پر بود از جمعیت؛ همه سیاهپوش و غرق در تجلیل علم.» (24)
پس از انتقال پیکر مطهر علامه امینی به عراق، در شهرهای بغداد، كاظمین، كربلا و نجف نیز پیكر علامه با شكوه فراوانی تشییع شد و پس از طواف دادن پیكر بر گرد آستان مقدس علوی، به وصیت خودشان، در حجره‌ای از كتابخانه امیرالمؤمنین علی علیه‌السلام ـ كه خود بنیان‌گذار آن بود ـ به خاك سپرده شد. پس از مراسم خاكسپاری، مردم تا مدت‌ها در شهرهای بزرگ ایران، عراق و دیگر كشورهای اسلامی، مجلس‌های ترحیم برگزار و از مقام علمی و معنوی آن بزرگمرد عرصه علم و تقوا تجلیل كردند.