علامه در سن 16 سالگی برای ادامه تحصیل راهی نجف اشرف شد و تا حدود سن 32 سالگی در آنجا مشغول کسب معارف الهی بود. در این سالها در محضر اساتیدی چون: آیة الله سید محمدبن محمدباقر الحسینی فیروزآبادی، آیة الله سید ابوتراب بن ابوالقاسم خوانساری، آیة الله میرزا علی بن عبدالحسین ایروانی و آیة الله میرزا ابوالحسن بن عبدالحسین مشکینی زانوی ادب زده و کسب علم نمودند .
ایشان در سن 32 سالگی به زادگاه خود تبریز مراجعت نموده و برای مدت کوتاهی در آنجا ماندگار شد. اوقات ایشان در آن ایام به تدریس و تحقیق مصروف گردید و در آن زمان بود که کتاب نفیس تفسیر فاتحة الکتاب توسط ایشان به نگارش درآمد.
علامه امینی(ره) که عشق امیرالمومنین علی علیه السلام در جانش شعله‌ور بود، بیش از این در فراق از حضرتش تاب نیاورده و مجدداً راهی نجف اشرف شد.
ایشان در نجف ضمن تحقیق و مطالعه فراوان در مجالس اساتید برجسته و مراجع تقلید آن روزگار به استمرار حاضر می‌شدند و در ضمن آن بود که از جهت علمی و تقوا به مرتبه والای اجتهاد نائل گردیده و همچنین از علما و مجتهدین بزرگ آن عصر اجازه روایت نیز دریافت داشتند. بعضی از مشایخ روایت ایشان عبارتند از:
آیة الله سید ابوالحسن موسوی اصفهانی، آیة الله شیخ علی اصغر ملکی تبریزی، آیة الله شیخ محمد محسن (آقا بزرگ) تهرانی.
علامه امینی(ره) در مقام اجتهاد، منزلت و جایگاه والایی داشتند و بیشتر ساعات ایشان به تحقیق و مطالعه می‌گذشت. و از منابع علمی اسلامی توشه برمی‌گرفت. ایشان در تفسیر، حدیث، تاریخ و علم رجال صاحب‌نظر بودند. (8)