ـ برخورد با فرقه‌های منحرف
امام جواد (علیه‌السلام) در برابر فرقه‌هایی که در دوران آن حضرت وجود داشتند، شیعیان خود را آگاه ساخته و از انحراف از جاده‌ی حقیقت بر حذر می‌داشتند. یکی از این فرقه‌ها اهل حدیث یا مجسمی مذهب بوده که خدا را جسم می‌پنداشتند. امام درباره‌ی آنان به شیعیان می‌فرمود که اجازه ندارند پشت هر کسی که خدا را جسم می‌داند نماز گزارده و به او زکات بپردازند. واقفه یکی دیگر از فرقه‌های موجود انشعابی از شیعه در زمان امام جواد بود که به صورت مشکلی در مقابل شیعیان مطرح شده بود. آنان کسانی بودند که پس از شهادت امام کاظم (علیه‌السلام) بر آن حضرت توقف کرده و امامت فرزندش علی بن موسی الرضا (علیه‌السلام) را نپذیرفتند. وقتی از امام درباره‌ی نمازخواندن پشت سر واقفی مذهبان سؤال می‌شد، آن حضرت در جواب، شیعیان را از این کار نهی می‌فرمودند.
زیدیه نیز فرقه‌ای بود منشعب از شیعه، در روایتی از امام جواد (علیه‌السلام) آمده که حضرتش فرمودند:«واقفیه و زیدیه مصداق این آیه از قرآن می‌باشند که «وجوهٌ یَومَئِذٍ خاشعَه عامِلَهٌ ناصِبَه » یعنی در روز قیامت یک عدّه که اهل آتش هستند بر چهره‌هایشان در آن روز غبار ذلت و خواری نشسته همچون کسانی نمودار است که شدت سختی‌های وارده بر چهره‌های ایشان نمودار است.
غلات نیز مورد تنفر امامان (علیهم‌السلام) بودند. خطر اینان برای شیعیان بسیار جدی بود. اینان به نام امامان‌، روایاتی را به دروغ ساخته و بدین وسیله شیعیان را که پیرو ائمه بودند به انحراف می‌کشاندند. امام جواد (علیه‌السلام) درباره‌ی ابوالخطاب که از سران غلات بود فرمودند: « لعنت خدا بر ابوالخطاب و اصحاب او و کسانی که درباره‌ی لعن بر او توقف کرده و یا تردید کنند.»
ـ مکتب علمی امام جواد (علیه‌السلام)
امامان علیهم‌السلام در زمان خود با توجه به وجود شرایط و زمینه فعالیتهای علمی، شاگردانی را تربیت می فرمودند و علم و دانش را توسط آنان در میان افراد منتشر می‌کردند. بدیهی است که شرائط اجتماعی و سیاسی زمان ایشان یکسان نبوده و هر یک به فراخور آزادی بیان مشغول به فعالیت در این قسمت می‌شدند.
مثلاً در زمان امام باقر و امام صادق (علیهماالسلام) شرائط اجتماعی مساعد بود و به همین جهت تعداد شاگردان و راویان امام صادق (علیه‌السلام) بالغ بر ۴ هزار نفر می‌شد، ولی از دوران امام جواد تا زمان امام عسکری (علیهماالسلام) به دلیل فشارهای سیاسی و کنترل شدید فعالیت آنان از طرف دربار خلافت، شعاع فعالیت ایشان بسیار محدود بود. بنابراین اگر می‌خوانیم که تعداد راویان و اصحاب حضرت جواد (علیه‌السلام) قریب به صد و ده نفر یا صد و بیست نفر بوده، جای تعجب نیست زیرا از یک سو آن حضرت شدیداً تحت مراقبت و کنترل سیاسی بود و از طرف دیگر در سن ۲۵ سالگی حضرت به شهادت رسیدند.