مامورین اطلاعات شهربانی متوجه پدر و مادر وی شدند و از طریق آنان، دوستان محمد را شناسایی و اقدام به دستگیری آنان کردند و در بازجویی های فنی، همرزمان دیگر وی نیز مورد شناسایی قرار گرفتند. یکی از افرادی که در این مرحله شناسایی شد، شهید حاج صادق امانی بود که به علت دوستی و رفاقت و خویشی که با شهید لاجوردی داشت مامورین برای دستیابی به شهید امانی به دستگیری های گسترده ای پرداختند که از آن جمله سیداسدالله لاجوردی بود. این دستگیری اولین تجربه سید در بازداشت به شمار می آمد. وی با زیرکی به گونه ای عمل کرد که با وجود اینکه از کم و کیف اقدامات انجام شده کاملاً آگاهی داشت، حکم برائت وی صادر گردید و پس از 18- 17 روز از زندان شهربانی آزاد شد. در دستگیری های گسترده ای که توسط ساواک در حاشیه پرونده قتل منصور صورت گرفت و بسیاری از اعضای هیئت های مؤتلفه اسلامی دستگیر شدند، سید نیز مجدداً در تاریخ دوازدهم اسفند ماه سال 43 دستگیر شد و تحت بازجویی های شدید، همراه با شکنجه های طاقت فرسا قرار گرفت ولی با استقامتی جانانه، در برابر بازجویان ایستادگی کرد و در نهایت به 18 ماه حبس تأدیبی محکوم شد. در سیاهچال های ستم شاهی بود که خبر شهادت همرزمانش، قلب مهربان او را جریحه دار کرد. سید نسبت به حاج صادق امانی ارادتی خاص داشت و در بسیاری از حرکت های دوران مبارزه دوشادوش او حرکت کرده بود و بسیاری از موفقیت های خود را مرهون او می دانست. این داغ تا زمان شهادت بر شانه های مردانه اش سنگینی می کرد، دوران زندان سپری گردید و سید به آغوش گرم خانواده چشم انتظارش بازگشت. تجربیات حاصل از دوران بازداشت، او را آبدیده تر کرد، اما مصائب و شداید این دوران نتوانست او را از مسیر مبارزه منحرف و سرگرم زندگی نماید، بلکه او را در انجام رسالت خویش، مصمم تر کرد. سیّد پس از مدتی کسب خود را تغییر داد و در بازار جعفری به دستمال فروشی و روسری فروشی مشغول شد و در عین حال به سازماندهی افراد مذهبی مبارز در چارچوب جلسات سیّار تحت سرپرستی خود پرداخت و سخنرانان آشنا به مبانی دینی و مبارزه را به جلسات خود دعوت کرد. یکی از سخنرانان جلسات سیّار شهید لاجوردی در سال 1348 در گزارش ساواک جناب حجة الاسلام و المسلمین آقای هاشمی رفسنجانی معرفی شده است.