گرچه انکار ارتباط با سایت‌های یادشده و تشکیک درباره‌ی صحت اعترافات متهمان در دستور کار مهدی هاشمی و نزدیکانش قرار گرفت اما شاهد این ادعاها نامه‌ای است که کروبی یک روز پیش از انتخابات به هاشمی‌رفسنجانی نوشت و نسبت به تخریب‌های سایت جمهوریت اعتراض کرد. همچنین اسماعیل گرامی‌مقدم سخنگوی حزب اعتماد ملی در گفتگویی مطبوعاتی اظهار داشت:

«مهدی هاشمی سایت جمهوریت را هدایت می‌کند. بارها هم ما تماس گرفتیم ولی متأسفانه این تخریب‌ها همچنان ادامه دارد و تنها سؤال ما از آنها این است که چرا کروبی را تخریب می‌کنند....»

حضور در آشوب‌های خیابانی یکی از اصلی‌ترین اتهامات مهدی هاشمی بود. محمدعلی ابطحی درباره‌ی نقش‌آفرینی مهدی هاشمی در آشوب‌های پس از انتخابات گفت:

«به‌خیابان‌آوردن جمعیت قبل از انتخابات مقدمه‌ای بود برای به‌خیابان‌آوردن آنها در شب شنبه، افرادی مانند فاتح، تاج‌زاده، خاتمی و ستادش، مهدی هاشمی و آدم‌هایش برای اینکه جمعیت را در خیابان‌های شهر نگه‌دارند، خیلی فعال بودند و همه‌ی اینها در پیش‌بینی و طراحی برنامه برای شب شنبه نقش داشتند».

اما گردن‌کلفتی مهدی هاشمی منحصر به اقداماتش در فتنه 88 نمی‌شد. حتی پس از آنکه دادستان عمومی و انقلاب تهران در مهر ماه 1388 به مهدی هاشمی توصیه کرد هر چه زودتر به ایران بازگردد تا اگر معتقد است اتهامی به او وارد نیست، از خود دفاع کند، مهدی به‌جای پاسخگویی طی نامه‌ای به خط و نشان‌کشیدن برای دادستانی پرداخت. اکبر هاشمی‌رفسنجانی هم ضمن توصیه به پسرش که با خیال راحت به کارها و تحصیلاتش در لندن ادامه دهد، در مشهد اعلام کرد: «مهدی ما رفته خارج و خیالش از پرونده‌هایش راحت است». او در عین حال با اطمینان گفت: «مهدی در این انتخابات هیچ دخالتی نداشت. او فقط تنها دخالتی که کرده این بود که تجربه‌ی خودشان را در کمیته‌ی صیانت از آرایی که در مجلس خبرگان خوب جواب داده‌بود، به دیگران انتقال داد». گرچه هاشمیِ پدر، خیالش از بابت حاشیه‌ی امن فرزندانش راحت است اما معاون اول قوه‌ی قضائیه اوایل بهمن ماه 1388 اعلام کرد که پرونده‌ی فرزندان هاشمی نیز به دادسرای تهران ارجاع شده و در موعد مقرر در جریان قرار خواهد گرفت و درنهایت در روزهای آخر سال 1388، حکم بازداشت مهدی هاشمی صادر شد.

با این حال اقدامات مهدی هاشمی به‌گونه‌ای بود که به گفته علی‌زاده طباطبایی وکیل خانوادگی هاشمی‌رفسنجانی فقط پدر او از این اقدامات خبر داشته و اسناد و مدارک مربوط به فعالیت‌های مهدی هاشمی در عصر روز 22 خرداد منهدم شده است.