الجعبري در سال 2000 همزمان با آغاز انتفاضه مسجد الاقصي و هنگامي كه رژيم صهيونيستي پايگاه هاي امنيتي تشكيلات خودگردان در باريكه غزه را هدف قرار داد، از زندان آزاد شد و توانست گام هايي مهم در جهت پيوستن به گروه عملياتي گردان هاي قسام بردارد و در كنار شهید صلاح شحاده و محمد الضیف، توانست گردان هاي قسام را از نظر مالي و نظامي به بهترين صورت، ساماندهي كند.
حالا دیگر " الجعبري" به یکی از بزرگ ترين معضلات سازمانهاي امنيتي اسرائیل تبديل شده بود.
شهید احمدالجعبری در کنار دکتر محمود الزهار از رهبران حماس