سرانجام در روز دهم ربیع الثانى و «بنا بر قولى دوازدهم ربع الثانى» سال ٢٠١ هجرى پیش از آن که دیدگان مبارکش به دیدار برادر روشن شود، در دیار غربت و با اندوه فراوان دیده از جهان فروبست و شیعیان را در ماتم خود به سوگ نشاند .مردم قم با تجلیل فراوان پیکر پاکش را به سوى محل فعلى که در آن روز بیرون شهر و به نام «باغ بابلان» معروف بود تشییع نمودند. همین که قبر مهیا شد دراین که چه کسى بدن مطهر آن حضرت را داخل قبر قرار دهد دچار مشکل شدند، که ناگاه دو تن سواره که نقاب به صورت داشتند از جانب قبله پیدا شدند و به سرعت نزدیک آمدند و پس از خواندن نماز یکى از آن دو وارد قبر شد و دیگرى جسد پاک و مطهر آن حضرت را برداشت و به دست او داد تا در دل خاک نهان سازد.
آن دو نفر پس از پایان مراسم بدون آن که با کسى سخن بگویند بر اسب هاى خود سوار و از محل دور شدند.
بنا به گفته بعضی از علما به نظر مى رسد که آن دو بزرگوار، دو حجت پروردگار: حضرت رضا (علیه السلام) و امام جواد (علیه السلام) باشند چرا که معمولاً مراسم دفن بزرگان دین با حضور اولیا الهی انجام شده است.
پس از دفن حضرت معصومه(سلام الله علیها) موسى بن خزرج سایبانى از بوریا بر فراز قبر شریفش قرار داد تا این که حضرت زینب فرزند امام جواد(علیه السلام) به سال ٢٥٦ هجرى قمرى اولین گنبد را بر فراز قبر شریف عمه بزرگوارش بنا کرد و بدین سان تربت پاک آن بانوى بزرگوار اسلام قبله گاه قلوب ارادتمندان به اهلبیت (علیه السلام). و دارالشفای دلسوختگان عاشق ولایت وامامت شد.