او نزد اين اساتيد بزرگوار، روح خود را تحت تربيت قرار داد و با استفاده از معارف اهل بيت، پله‌هاي كمالات روحي را يكي پس از ديگري طي مي‌كرد، و از طرف ديگر، چون جهل را بزرگترين دشمن انسان مي‌دانست، از محضر اساتيدش كه همگي حديث شناس و فقهايي نامدار بودند، علم فقه و حديث شناسي را به طور اكمل فرا گرفت، به طوري كه بعد از گذشت چند سال، "محمدابن يعقوب"، خود يكي از علماي بزرگ ري شد.
عالمي فقيه و زاهدي خداشناس كه مظهر صفات نيك بود و هر دو فرقه براي فتوا گرفتن به وي رجوع مي‌كردند.
هرچند كليني تا آن زمان از موفقيت‌هاي چشم‌گيري برخوردار شده بود و از جهت علمي و معنوي خود را به سطحي عالي رسانده بود، اما همواره دغدغه‌اي بزرگ ذهن او را مي‌آزرد، غصه‌اي كه هميشه با او بود و هيچ‌گاه از فكرش بيرون نمي‌رفت.
براي اين‌كه بدانيم اين عالم بزرگ چه دغدغه‌اي داشته بهتر است با موقعيت عصر و زمان او بهتر آشنا شويم.