ستيز با اکثريت 95 درصدي مسلمان
در آذربايجان همانند ساير بخش‌ها و حوزه‌ها، در حوزه دين مشکلات اساسي وجود دارد، در 20 سال گذشته جمعيت ديني کشور در بدترين شرايط بوده است، اين مشکلات باعث خدشه‌دار شدن آزادي اعتقادات ديني شده است و قوانين مصوب روز به روز دين و دينداري را محدود کرده است. مقامات آذربايجان مساجد را به بهانه هاي مختلف تعطيل و تخريب مي کنند و در باکو به عنوان پايتخت فرهنگي جهان اسلام در سال 2009 سه مسجد تخريب شد، ممنوعيت حجاب در اين کشور مسلمان، مردم را آزار مي دهد و دختران با اعتقاد مذهبي به بهانه حجاب حق اوليه و مشروع خود در تحصيلات مدارس و دانشگاهي را از دست مي دهند.

نشانه هاي هجمه هاي فکري و رسانه اي عليه دين مبين اسلام و بويژه تشيع اخيرا به وضوح در آذربايجان قابل مشاهده است. در ماه هاي منتهي به سال 2012 ممنوعيت هاي قانوني جديدتري عليه اسلام به تصويب مجلس جمهوري آذربايجان رسيد. از جمله تصدي امور ديني توسط روحانيون تحصيل کرده در خارج از کشور و نيز تبليغ دين توسط روحانيون خارجي در جمهوري آذربايجان ممنوع شد. جريمه هاي مالي و حبسهاي درنظر گرفته شده براي نقض کنندگان ممنوعيت هاي اعمال شده عليه فروش و توزيع کتب و اشياي ديني در اين کشور نيز با تصويب مجلس ملي جمهوري آذربايجان در ماه هاي پاياني سال 2011 ميلادي به چند برابر افزايش يافت.

در روزهاي آغازين سال 2012 ميلادي بيانيه‌اي فرمايشي عليه دين اسلام با امضاي 54 تن از نويسندگان و روزنامه نگاران خودفروخته در مطبوعات اين کشور منتشر شد. اين بيانيه که بنام جمهوري آذربايجان صادر شد، مدعي بود که دين اسلام به زور به مردم اين سرزمين قبولانده شده است. در کنار صدور اين بيانيه ضداسلام و انتشار آن در مطبوعات جمهوري آذربايجان، انتشار مقالات متعدد ديگر نيز به منظور زيرسؤال بردن تشيع و نهاد مرجعيت و تقليد از مراجع شيعي نيز در دستور کار رسانه‌هاي باکو قرار گرفته است. منع برگزاري مناسک مذهبي از جمله در ماه‌هاي رمضان و محرم، مخالفت با اقامه نماز در پادگان‌ها و… از ديگر تلاش‌هاي سازمان يافته مقامات جمهوري آذربايجان براي مقابله با اسلام است.