فلفل سیاه پرزهای چشایی را تحریک می‌کند و پیامی ‌به معده می‌فرستد که باعث ترشح اسید هیدروکلوریک و در نتیجه هضم بهترغذا می‌شود. وجود اسید هیدروکلوریک برای هضم پروتئین‌ها و دیگر مواد غذایی در معده ضروری است. در استعمال داخلی به عنوان محرک اشتها، مدر، بادشکن، گرم کننده و ضد سم و برای رفع انواعی از مسمومیت‌های غذایی به کار می‌رود. همچنین فلفل سیاه برای معالجه اسهال تابستانه، اسهال خونی، کاهش احتمال سرماخوردگی و دردهای روماتیسمی مفید است.
فلفل سیاه هم چنین خواص آنتی اکسیدانی فوق العاده‌ای دارد. این ادویه تاثیر فوق‌العاده‌ای برای مقابله با رشد باکتری‌های مضر بویژه در روده دارد.