آیت الله سید محمد باقر حکیم فرزند آیت الله العظمی سید محسن طباطبایی حکیم در شهر نجف متولد شد. نسب خاندان حکیم که از سادات طباطبایی محسوب می گردند به امام حسن مجتبی(ع) بر می گردد. جد این خاندان، یعنی آیت الله سیدمهدی حکیم از بزرگان علما و سرآمد مجتهدان عصر خود بود که چندی در لبنان اقامت داشت و در آنجانیز به خاک سپرده شد.